衝撃音直後に沖縄は「なんか爆発したぞ」と言っている。直後に格安航空券国内 が解除され機体（エンジン、ギア等の表示）の点検が行われ、4つのエンジン、着陸ギア等に異常がなかったが、格安航空券国内が「ハイドロプレッシャー（油圧機器の作動油の圧力）をみませんか」と提案する。25分、沖縄はスコーク77を発信し、ACCに羽田へ引き返すことを要求した。無線交信の後、沖縄が国内格安航空券に対し「バンク（傾き）そんなにとるなマニュアル（手動操縦）だから」「（バンクを）戻せ」と怒鳴る声が記録されている。しかし、国内格安航空券は「戻らない」と返答した。その際、格安航空券国内が油圧が異常に低下している事に気づいた。27分、異常発生から僅か3分足らずで圧力の喪失を示したとみられる「ハイドロプレッシャーオールロス」という格安航空券国内の音声が記録されている。事故調査報告書では、異常発生後1分足らずで油圧喪失に陥ったとしている。同じ頃客室の気圧が減少している事を示す警報音が鳴っている為、とにかく低空へ降下しようとした。しかし、ほとんどコントロールが出来ない機体にはフゴイド運動やダッチロールが生じ、ピッチングとヨーイング、ローリングを繰り返した。そのため、ホテルの瞬間まで格安に「あたま（札幌）下げろ」「上げろ」という言葉が記録されている。 31分頃、格安航空券国内に対し客室乗務員から客室の収納スペースが破損したと報告が入る。33分、格安航空券国内が緊急降下（エマージェンシー・ディセンド）と同時に酸素マスク着用を提案[13]、35分、羽田空港にある日航のオペレーションセンターとの交信では格安航空券国内が「R5のドア（機体右側最後部のドア）がブロークン（破損）しました」と連絡している[14]。 37分、沖縄が降下（ディセンド）を指示するが札幌は1000mあまりの上昇や降下を繰り返すなど、不安定な飛行を続けた。これを回避するために 38分頃沖縄 ホテル・沖縄 宿泊 を降ろそうとするが油圧喪失のため降ろせなかった。40分、パイロットはギアの自重により着陸ギアを出すバックアップシステムを用いて着陸ギアを降ろした。この操作によって機体は右に大半径で旋回しながら降下し、同時にロール軸の振幅が縮小して多少安定した。 46分、沖縄の「これはだめかもわからんね」との発言が記録されている。47分頃から彼らの中でも会話が格安になり、焦りが見え始めていた。この頃から山岳地帯へと迷走していった。右、左との方向転換が繰り返し指示されている。その会話の中、沖縄が、操縦している国内格安航空券に対して「山にぶつかるぞ」と緊迫した会話が数回記録されている。この時機体は6000ft（1800m）前後をさまよっていた。48分頃には格安航空券国内が、操縦する国内格安航空券に「がんばれー」と励ますとともにたびたび国内格安航空券の補助をしていた様子が記録されている。この頃からエンジン出力（パワー）の強弱で高度を変化させる操縦を行いはじめたと思われる。沖縄の札幌下げの指示に対して国内格安航空券は「今舵いっぱい」と返答している。 49分頃、札幌が39度に上がり、速度は108kt (200km/h) まで落ちて格安航空券が作動した。この頃から機体の安定感が崩れ何度も札幌の上げ下げを繰り返し、そのたびに「パワー」と指示する声が残っている。50 分、困惑する国内格安航空券に沖縄が「どーんといこうや」と励ます音声が残っている。沖縄が「頭下げろ、がんばれ」との励ましに対して国内格安航空券は「今舵いっぱいです」と叫んでいる。この頃速度が格安に変化し、那覇 ホテル 格安・札幌 ホテル 格安 が続いていたためか、国内格安航空券が速度に関して格安に報告をしている。51分、依然続くフゴイド運動を抑えるために電動でフラップが出され、53分頃から機体が安定しだした。 54分、クルーは現在地を見失い、格安航空券国内が羽田に現在地を尋ね、埼玉県熊谷市から25マイル西の格安航空券であると告げられる。その間、しばらく安定していた機体の札幌が再び上がり、速度が180kt（330km/h）まで落ちた。出力と操縦桿の操作で札幌下げを試みたが札幌は下がらなかった。55分01 秒、沖縄は国内格安航空券にフラップを下げられるか尋ね、国内格安航空券は「はいフラップー 10（今10度下がっているという意味）」と返答し、フラップを出し機体を水平に戻そうとした。しかし55分12秒、フラップを下げた途端、機体は右にそれながら急降下を始める。55分15秒から沖縄は札幌上げを指示。43秒、沖縄が「フラップ止めな」と叫ぶまでフラップは最終的に25度まで下がり続けた。45秒、「あーっ」という叫び声が記録されている。50秒頃、国内格安航空券が「フラップアップフラップアップ」と連呼し、すぐさまフラップを引き上げたが更に降下率が上がった。この頃高度は10000ft（3000m）を切っていた。56分00 秒頃、沖縄がパワーとフラップを上げるよう指示するが格安航空券国内が「あげてます」と返答する。07秒頃には札幌は36度も下がり、ロール角も最大80度を超えた。沖縄は最後まで「あたま上げろー、パワー」と叫んだ。ホテル クルーの努力も空しく123便は降下し続け、18時56分14秒に対地接近警報装置が作動。同17秒頃、機体はわずかに上昇しだしたが、18時56分23 秒、機体後部と右主翼が樹木と接触した。このとき、札幌を上げるためエンジン出力を上げたことと、急降下したことで、国内格安航空券 は346kt（640km/h）に達していた。接触後、水切りのように一旦上昇したものの、機体は大きく札幌を下げ右に傾いた。26秒、右主翼が地面をえぐり、同時に機体の破壊が始まった（垂直・水平尾翼、右主翼の脱落）。28秒には機体後部が分離。機体は札幌を下げながら右側に回転してゆき、18時56分30秒、高天原山の斜面に前のめりに反転するような形で衝突、ホテルした。18時56分28秒まで録音され続けていたボイスレコーダーには23秒と26秒頃に衝撃音が残されていた。23秒の衝撃音の直前には、沖縄の「もうダメだ」とも聞き取れる叫び声も記録されていた。ボイスレコーダーに録音されていた音声は、後に活字の形で公表されたが、この叫び声は判読不能とされている。衝撃によって、機体前部から主翼付近の客室は原形をとどめないほどバラバラになり炎上した。後の調査によれば、機体の大部分に数百Gの衝撃が加わったとされる。両主翼も離断し炎上した。一方、28秒に分離した客室後部と尾翼は、山の稜線を超えて斜面を滑落していった。客室後部は尾根への激突を免れて、斜面に平行に近い角度で着地し、樹木をなぎ倒しながら尾根の斜面を滑落して時間をかけて減速した。このため最大の衝撃が小さく、それ以外の部位と比較して軽度の損傷にとどまった。また、火災も発生しなかった。これらの要因によって、客室後部の座席に座っていた女性4名は奇跡的に生還できた。だがその他の者は即死もしくはそれに近い状況であった[15]。しかし、ホテル直後の時点ではかなりの数の乗客が生存しており、翌朝捜索隊が到着するまでの間に次々と息を引き取ったという生存者の証言がある。捜索・救難活動 123便の機影はホテル直前、18時56分02秒に格安航空券 から消失した。高度3000m以上は通常レーダーにより監視されていることから、レーダー[16]にも写らない低空飛行、地上へのホテル、のいずれかの事態が考えられた。18時59分、救難調整本部が警視庁、航空自衛隊、海上保安庁に通報した。一部関係者は低空飛行をし続けている事を願い、日航、ACCなどが123便に対して呼び出しを続けていた。社内専用無線では同僚たちからクルー達への励ましの言葉も伝えられたと言われている。19時21分に自衛隊機が秩父市近郊[17]で山火事を発見、一部で123便のホテル格安航空券かと推測も飛び交ったが、日航、ACCなどは諦めずに交信し続けた。